Şirket'in ortaklarından biri olan Adam'ın yaymaya çalıştığı ölümcül bir virüs ile ilgili sezondur.Adam'ın hapishaneden kurtulmasını, virüs ile ilgili flashbackleri (zamanda geri sıçramalar) ve sonunda virüsün Peter, Nathan,Hero ve Matt tarafından durdurulmasını içerir. Nathan yetenekleri hakkında basın açıklaması yapacağı sırada siyah şapkalı gizemli biri Nathan'ı vurur. Nathan'ın yaralanması ile sezon sona erer. Sezon boyunca güçsüz dolaşan Sylar ise Mohinder Suresh'ten çaldığı Claire'ın kanını kendine enjekte ederek güçlerine tekrar sahip olur.
